細胞株之品質直接影響實驗結果的正確性，因此細胞株之品管不僅為使用細胞株的基本工作，更為應用於疫苗、試劑或新藥研發時的法定要求。國衛院細胞庫期望以提供嚴格品管的細胞株、及推廣細胞株品管教育訓練課程的方式，實質協助研究人員順利進行實驗。 目前國衛院細胞庫所提供的細胞株皆經過標準化的細胞株品管流程(如下)；細胞株之品管工作主要為污染檢測與種源鑑定。其中又以黴漿菌污染檢測(PCR、螢光染色及菌落分析法等)、種間鑑定(同功酵素及染色體核型分析等)最為重要。為全面推廣細胞株品管，國衛院細胞庫每年定期舉辦包含授課及實驗室操作課程的「細胞培養與品管研習班」，實質協助研究人員將細胞株品管建立為例行性之工作。