近來胚胎幹細胞之研究快速發展，但因涉及倫理爭議，行政院衛生署曾於九十年十一月及十二月間，分別於台北、台中及高雄等地舉辦公聽會，邀集醫學、社會學、倫理學、哲學專家及宗教界與病人團體表達意見。
並於九十一年二月七日召開「醫學倫理委員會」，就有關胚胎幹細胞研究的倫理規範，做出以下的決議：

一、研究使用的胚胎幹細胞來源限於：
（一）自然流產的胚胎組織、
（二）符合優生保健法規定之人工流產的胚胎組織、
（三）施行人工生殖後，所剩餘得銷毀的胚胎，但以受精後未逾十四天的胚胎為限。

二、不得以捐贈之精卵，透過人工受精方式製造胚胎供研究使用。

三、以「細胞核轉植術」製造胚胎供研究使用，因牽涉層面較廣，需再作進一步之審慎研議。

四、供研究使用的胚胎幹細胞及其來源，應為無償提供，不得有商業營利行為，且應經當事人同意，並遵守「研究用人體檢體採集與使用注意事項」。

五、胚胎幹細胞之研究，不得以複製人為研究目的。

六、胚胎幹細胞若使用於人體試驗之研究，應以治療疾病和改善病情為目的，但應遵守醫療法規定，由教學醫院提出人體試驗計畫經核准後方可施行。